Ngày 9 tháng 4 năm 1371, Thân vương Ohito lên làm Thiên hoàng Bắc triều dưới sự ủng hộ của Hosokawa Yoriyuki và Mạc phủ thực tế không kiểm soát nhiều về triều đình Kyoto.

Go-En'yū không có quyền lực gì khi đang tại vị. Thực tế, mọi quyền lực nắm trong tay Thượng hoàng Go-Kōgon. Sau khi Ashikaga Yoshimitsu lên làm shōgun năm 1378, quan hệ giữa Nam - Bắc triều bắt đầu hòa dịu và triều đình bắt đầu ổn định.

Ngày 24 tháng 5 năm 1382, Thiên hoàng Go-En'yū thoái vị và nhường ngôi cho con cả là Thân vương Motohito. Thân vương lên ngôi, là Thiên hoàng Go-Komatsu.